Program Doktor atau Strata 3 (S3), merupakan program pendidikan dengan jenjang tertinggi setelah Magister atau Strata 2 yang diarahkan pada peningkatan penguasaan teori dan analisis mendalam terhadap keahlian tertentu, program ini dirancang untuk menciptakan lulusan yang secara eksperimen dan empirik mampu menerapkan metodologi-metodologi yang baik sesuai dengan bidang ilmunya masing-masing.
Jumlah SKS (Satuan Kredit Smester) yang harus di tempuh jenjang S3, kurang lebih antara 42 SKS, dengan lama masa studi 48 antara 3 - 5 tahun.
Gelar yang akan di dapat bagi lulusan Strata 3 (S3) adalah Doktor (Dr...) Sesuai jurusan yang diambil. Penyematan gelar disematkan setelah didepan sebelum nama.
Program Magister (S3), yang tersedia di UIKA Bogor antara lain:
* Program Sekolah Pascasarjana :
- Program Studi Doktor Pendidikan Islam : Gelar Akademik (Dr.)
- Program Studi Doktor Ekonomi Syariah : Gelar Akademik (Dr.)
