Nama Universitas Ibn Khaldun Bogor diambil dari nama seorang muslim Ibn Chaldun (nama lengkapnya Abu Zaid Abdurrahman Ibn Muhammad Ibn Chaldun). Beliau lahir di Tunis, 1 Ramadhan 732 (27 Mei 1332) dan wafat di Kairo, 25 Ramadhan 802(19 Maret 1406). Beliau adalah seorang perintis filsafat, sejarah dan sosiologi yang sangat populer. Buku beliau yang paling terkenal adalah Muqaddimah.

Universitas Ibn Chaldun didirikan pada tanggal 10 Desember 1959 di Jakarta. Universitas Ibn  Chaldun merupakan gabungan dari tiga Fakultas yang dibina oleh Yayasan Ibn Chaldun (Ibn Chaldun Foundation) dan Universitas Djakarta Indonesia yang terdiri dari 4 Fakultas yang ada di Bogor. Universitas Ibn Chaldun ini dibina oleh Yayasan Ibn Chaldun yang berkedudukan di Jakarta. Dengan demikian Ibn Chaldun terdiri dari 7 Fakultas yaitu 3 Fakultas di Jakarta dan 4 Fakultas di Bogor. Itulah sebabnya lambang Universitas Ibn Chaldun terdiri dari 7 sayap.  Pada tahun 1961 empat Fakultas di Bogor memisahkan diri dari UIC dan menjadi dua Universitas yaitu Universitas Ibn Khaldun Bogor dan Universitas Bogor yang sekarang bernama Universitas Pakuan.  Universitas Ibn Khaldun Bogor (UIC Bogor) didirikan pada tanggal 23 April 1961 dengan Surat Keputusan Dewan Pendiri Yayasan Ibn Chaldun No. 31/DPP/1961. Para pendiri UIC Bogor adalah Dr. Marzuki Mahdi, KH. Sholeh Iskandar, RSA Karta Djumena, Ir Prijono Hardjosentono, Yunus Dali, Ir. Imam Rahardjo, RSA. Suwignyo, H.M. Djunaedi. UIC Bogor ini diberi hak otonomi baik dibidang organisasi, Keuangan maupun Administrasi.  Untuk memantapkan pembinaan UIC maka didirikanlah Yayasan Pembina UIC Bogor pada tanggal 5 Nopember 1974. Para pendirinya adalah KH. Sholeh Iskandar, Junus Dali, RM Oentoro Koesmadjo, Ali Audah, Muhammad Entol Kahfi, Yasin Prawira, BA dan Drs. Abdul Qoyyum. Pada tahun 1987 nama Yayasan Pembina UIC diubah menjadi Yayasan Pendidikan Islam Ibn Khaldun Bogor . sedangkan ejaan Universitas Ibn Chaldun (UIC) diubah menjadi Universitas Ibn Khaldun Bogor disingkat UIKA, dengan motto Iman, Ilmu, Amal. 

Ketua Badan UIC yang pertama adalah Dr. Marzuki Mahdi sedang Rektor UIC yang pertama adalah Mr Abdullah Siddiq. Periode ini dikenal dengan periode Kampus Papandayan 25 dan Dewi Sartika/Pabrik Gas. Pada tahun 1968 Dr. Marzuki Mahdi meninggal dan digantikan oleh Ir. Prijono Hardjosentono. Pada tahun 1970 Ir. Prijono Hardjosentono diangkat menjadi Rektor sedang Badan Pengurus YIC diketuai KH. Sholeh Iskandar. Periode ini dikenal dengan periode Jalan Bangka.  Dengan Program Kerja 5 tahun (1970-1975) BP-YIC berhasil membangun Kampus UIC Bogor di Jalan RE. Martadinata 4 Bogor.  Pada tahun 1974 Badan Pengurus Yayasan Ibn  Khaldun Bogor ditingkatkan menjadi Yayasan Pembina Universitas Ibn Khaldun Bogor. Pada tahun 1983 dilakukan  perubahan baik Yayasan maupun Universitas. Ketua Yayasan KH. KH. Sholeh Iskandar digantikan oleh Ir. Prijono Hardjosentono sedangkan Rektor adalah Dr. Ir. A.M. Saefuddin. Periode ini dikenal munculnya gagasan Islamisasi Sain dan Kampus.  Pada tahun 1987 Yayasan Pembina Universitas Ibn Khaldun  Bogor diubah menjadi Yayasan Pendidikan Islam Ibn Khaldun Bogor. Periode ini dikenal dengan lahirnya Pesantren Ulil Albaab. Pesantren Ulil Albaab ini dimaksudkan untuk lebih memantapkan  gagasan Islamisasi Sain dan Kampus melalui penerapan kesatuan Iman Ilmu Amal.

Periode Jabatan Rektor UIKA Bogor

No.

Periode

Rektor

Nomor dan Tanggal SK

1.

1961 - 1968

Abdullah Siddiq, S.H.

 

 

2.

1968 - 1970

H. Prijono Hardjosentono, Ir.

 

 

3.

1970 - 1983

H. Prijono Hardjosentono, Ir.

 

 

4.

1983 - 1985

Dr. A.M. Saefudin, Ir.

32/SK/YP-UIKA/1983                20 Mei 1983

5.

1985 - 1987

K.H. Didin Hafidhuddin, Drs.,M.S.

02/SKPT/BAPEM-YPIKA/1988

6.

1987 - 1991

M. Rais Ahmad, S.H., MCL.

05/SKPT/BAPEM-YPIKA/1985,

4 Oktober 1985

7.

1991 - 1995

Prof. Dr. Ir. Affendi Anwar, M.Sc.

74/KPTS/PENG-YPIKA/1995,

13 Desember 1995

8.

1995 - 1999

H. Charuddin A Nawawi, S.E.

79/SKPT/PENG-YPIKA/1995,

31 Desember 1995

9.

1999 - 2004

Dr. H. R. Sunsun Saefulhakim, Ir., M. Sc.

23/KPTS/BAPEN-YPIKA/2000,

5 Mei 2001

10.

2004 - 2008

Dr. Didin Saefuddin, M.A.

19/KPTS/BAPEN-YPIKA/2004,

1 Juni 2004

11.

2008 - 2012

Prof. Dr. H. Ramly Hutabarat, S.H., M.Hum.

18/KPTS/PENG-YPIKA/2008,

11 Juni 2008

12.

2012 - 2016

Dr. H. E. Bahruddin, M.Ag.

36/KPTS/PENG-YPIKA/2012,

27 Juni 2012